Caractérisation de la résistance aux antibiotiques des souches bactériennes isolées de plusieurs biotopes
No Thumbnail Available
Date
2023
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Université De Larbi Ben M’hidi Oum EL Bouaghi
Abstract
La résistance aux antimicrobiens (RAM) représente l'un des plus importants problèmes de santé humaine et animale dans le monde et particulièrement en Algérie. Le but de cette étude est de faire une caractérisation phénotypique et moléculaire des souches Gram positives et Gram négatives isolées de différentes origines (alimentaire et clinique).
La détermination du profil de sensibilité aux antibiotiques de chaque souche bactérienne a été réalisée en utilisant la méthode de diffusion des disques d'antibiotiques, selon les recommandations de la Société Française de Microbiologie (SFM, 2019). La caractérisation moléculaire des souches multirésistantes de K. pneumoniae a été réalisée afin de séquencer le génome entier (WGS) en utilisant la technologie Illumina. Les lectures brutes séquencées ont été traitées en utilisant des outils bioinformatiques : FastQC Ariba, Shovill-Spades. Le typage de séquence multilocus (MLST) a été utilisé pour estimer la relation évolutive entre les souches séquencées.
La caractérisation phénotypique a révélé des taux de multirésistance (MR) aux antibiotiques élevés et très inquiétants chez les souches d’E. coli, S. epidermidis et S. aureus. L'analyse moléculaire a permi de détecter pour la première fois en Algérie le gène blaNDM-5 chez K. pneumoniae. D’autres gènes de résistance ont été aussi détectés : blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, aac(6')-Ib-cr, qnrB1, qnrB4, qnrB19, qnrS1, gyrA et parC. En outre, nos données révèlent aussi l’émegence de clone ST307 chez deux souches de K. pneumoniae (S03 et S13), qui maintenant, est reconnu comme une grande menace mondiale. Pour conclure, en Algérie de nouvelles politiques de contrôle doivent être adoptées
Antimicrobial resistance (AMR) represents one of the most important problems of human and animal health in the world and particularly in Algeria. The aim of this study is to make a phenotypic and molecular characterization of Gram-positive and Gram-negative strains isolated from different origins (food and clinical).
The determination of the antibiotic susceptibility profile of each bacterial strain was performed using the antibiotic disc diffusion method, according to the recommendations of the French Society of Microbiology (FSM, 2019). Molecular characterization of the multidrug-resistant strains of K. pneumoniae was performed to sequence the whole genome (WGS) using Illumina technology. The raw sequenced reads were processed using bioinformatics tools: FastQC Ariba, Shovill-Spades. Multilocus sequence typing (MLST) was used to estimate the evolutionary relationship between the sequenced strains.
Phenotypic characterization revealed high and very alarming rates of multidrug resistance (MDR) to antibiotics in E. coli, S. epidermidis and S. aureus strains. Molecular analysis has permitted to detect for the first time in Algeria the blaNDM-5 gene in K. pneumoniae. Other resistance genes were also detected: blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, aac(6')-Ib-cr, qnrB1, qnrB4, qnrB19, qnrS1, gyrA and parC. In addition, our data also reveal the emergence of clone ST307 in two strains of K. pneumoniae (S03 and S13), which is now recognized as a major global threat. To conclude, in Algeria new control policies must be adopted.
Description
Keywords
Bactéries, Résistance antimicrobienne, ST307